在《全国道地药材生产基地建设规划(2018—2025年)》的建设布局中，根据中药资源的分布区域和主要药材的特点，将全国道地药材基地划分为东北、华北、西北、华东、华中、华南、西南七大道地药材产区，其中内蒙古自治区横跨“东北道地药材产区”、“西北道地药材产区”和“华北道地药材产区”三大区域。
东北道地药材产区包括呼伦贝尔市、兴安盟、通辽市、赤峰市，是内蒙古中药材的主要产区，2022年种植面积约158.3万亩，占全区总面积的68.1%。主要有黄芪、水飞蓟、桔梗、苦参、赤芍、防风、苍术、北沙参、牛膝等。
华北道地药材产区包括呼和浩特市、包头市、锡林郭勒盟、乌兰察布市，种植面积约20万亩，占全区总面积的8.6%。主要有黄芪、黄芩、党参、柴胡、小秦艽等。
西北道地药材产区包括巴彦淖尔市、阿拉善盟、乌海市、鄂尔多斯市，种植面积约为54.2万亩，占全区总面积的23.3%。主要有肉苁蓉、锁阳、甘草、枸杞等。